首先，《離職協(xié)議書(shū)》中約定的經(jīng)濟補償是否有效?根據最高人民法院《關(guān)于審理勞動(dòng)爭議案件適用法律問(wèn)題的解釋(一)》第三十五條規定，勞動(dòng)者與用人單位就解除或者終止勞動(dòng)合同辦理相關(guān)手續、支付工資報酬、加班費、經(jīng)濟補償或者賠償金等達成的協(xié)議，不違反法律、行政法規的強制性規定，且不存在欺詐、脅迫或者乘人之危情形的，應當認定有效。可見(jiàn)，經(jīng)濟補償屬于可以由勞動(dòng)者和用人單位自主協(xié)商的事項范圍。除有法定的可撤銷(xiāo)的情形外，在雙方基于真實(shí)意思表示的情況下達成合意的，應當遵循尊重和保護意思自治原則，協(xié)議自生效之日起對雙方均具有約束力。同時(shí)，《離職協(xié)議書(shū)》第4條約定了杜某離職后的保密義務(wù)，并約定“保密費包含在經(jīng)濟補償中”。作為計算機公司的常務(wù)副總裁，杜某離職后的保密義務(wù)與計算機公司的利益密切相關(guān)，計算機公司正是因此才在《離職協(xié)議書(shū)》中重申了杜某的保密義務(wù)。同時(shí)根據雙方簽訂的勞動(dòng)合同，杜某離職后的保密義務(wù)期限為自離職之日起兩年，計算機公司將在杜某辦理完離職手續后一次性支付保密費。因此，《離職協(xié)議書(shū)》中約定的經(jīng)濟補償款并不單純僅指解除勞動(dòng)合同的經(jīng)濟補償，還包括了杜某離職后應得的保密費。即使如計算機公司所稱(chēng)，該經(jīng)濟補償為解除勞動(dòng)合同的經(jīng)濟補償，《中華人民共和國勞動(dòng)合同法》第四十六條、第四十七條關(guān)于經(jīng)濟補償支付情形及支付標準的規定，不屬于強行法范疇，勞動(dòng)者與用人單位的約定高于法定標準，屬于對其自身權利的自主處分，除有法定的可撤銷(xiāo)的情形外，合法有效，當事人應當自覺(jué)履行。

　　其次，《離職協(xié)議書(shū)》是否存在重大誤解或顯失公平的情形?一方面，重大誤解一般指的是意思表示人因對內容產(chǎn)生誤解而作出了與本意相悖的意思表示，錯誤認識與意思表示存在因果關(guān)系。勞動(dòng)者因個(gè)人原因離職不屬于用人單位應當支付經(jīng)濟補償的情形，并非新法規定。計算機公司成立于1993年，屬于知名企業(yè)，其理應具備專(zhuān)業(yè)、成熟的人事管理體系，應當知曉1995年實(shí)施的《中華人民共和國勞動(dòng)法》以及2008年實(shí)施的《中華人民共和國勞動(dòng)合同法》的相關(guān)規定。計算機公司主張對相關(guān)法律法規存在重大誤解，缺乏合理性。同時(shí)，計算機公司亦未提交證據證明對《離職協(xié)議書(shū)》中約定的經(jīng)濟補償存在重大誤解、違背其本意，應承擔舉證不能的不利后果。另一方面，根據法律規定，一方當事人利用優(yōu)勢或者利用對方?jīng)]有經(jīng)驗，致使雙方的權利與義務(wù)明顯違反公平、等價(jià)有償原則的，可以認定為顯失公平。也就是說(shuō)顯失公平的構成要件包含主觀(guān)要件，即一方利用優(yōu)勢或對方缺乏經(jīng)驗等不利情勢。計算機公司未提交證據，證明杜某在簽署《離職協(xié)議書(shū)》時(shí)存在利用自身優(yōu)勢或計算機公司缺乏相關(guān)經(jīng)驗的情況。同時(shí)，計算機公司稱(chēng)雙方簽訂的勞動(dòng)合同已約定，總監以上級別核心崗位的保密費標準為1000元。但該約定未明確對應期間，約定不明，無(wú)法充分證明《離職協(xié)議書(shū)》的約定致使雙方的權利與義務(wù)明顯違反公平、等價(jià)有償原則。因此，計算機公司應承擔舉證不能的不利后果。

　　法律依據

　　最高人民法院《關(guān)于審理勞動(dòng)爭議案件適用法律問(wèn)題的解釋(一)》第三十五條規定，勞動(dòng)者與用人單位就解除或者終止勞動(dòng)合同辦理相關(guān)手續、支付工資報酬、加班費、經(jīng)濟補償或者賠償金等達成的協(xié)議，不違反法律、行政法規的強制性規定，且不存在欺詐、脅迫或者乘人之危情形的，應當認定有效。